V rámci svojej špecializácie sa zameriava na národopisné dejiny obyvateľov Medzibodrožia a Použia, vrátane dejín ľudových tradícií. Zbiera, zhromažďuje, uchováva, prezentuje a vedecko-výskumnými metódami spracováva zbierky z oblasti prírodných a spoločensko-vedných disciplín, ktoré tvoria súčasť národného kultúrneho a prírodného dedičstva. Múzeum každoročne ponúka najmodernejšie vzdelávacie a zábavné programy pre všetky vekové kategórie ako napr. Noc múzeí a galérií, Bodrog Song, Adventné podujatia. Všetky aktivity múzea spojené s jeho poslaním sú zamerané na najširšiu verejnosť doma i v zahraničí.
